如果小规模企业在开票时将1%的征收率的发票错开成3%，需要进行以下步骤进行正确申报：

1、与客户联系：首先，与相关客户联系，解释错误，并要求他们更正发票。说明发票错误是由于技术问题或人为错误导致的。

2、更正发票：与客户协商后，要求他们开具正确的1%征收率的发票。确保发票上的信息准确无误，包括企业名称、纳税人识别号、商品或服务明细等。

3、纳税申报：在下一个纳税期限内，将正确的发票信息用于纳税申报。根据税务规定，将1%征收率的发票金额计入适当的税收类别中。

4、补缴税款：如果企业在错误发票上支付了3%的税款，可以向税务机关申请退还差额部分。同时，需要按照正确的1%税率重新计算并补缴税款。

关于是否会影响相关优惠政策享受，具体情况需要根据所在国家或地区的税收法规来确定。一般来说，如果企业及时纠正错误并按照正确的税率进行申报和缴税，可能不会影响相关优惠政策的享受。但是，建议与当地税务机关咨询，以确保正确遵守税法规定并享受相关优惠政策